Công đoàn Trường Đại học Thủ Dầu Một tiền thân là Công đoàn Trường Cao đẳng sư phạm tỉnh Bình Dương, được thành lập ngày 24 tháng 06 năm 2009. Công đoàn Trường Đại học Thủ Dầu Một là tổ chức chính trị – xã hội của đội ngũ giảng viên, nhân viên và người lao động của Trường. Thực hiện chăm lo và bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp, chính đáng của công đoàn viên; tuyên truyền, vận động công đoàn viên học tập, nâng cao trình độ, kỹ năng nghề nghiệp, chấp hành pháp luật. Góp phần xây dựng Đại học Thủ Dầu Một ngày một lớn mạnh.
Hiện nay, số lượng công đoàn viên của Trường là hơn 700. Điều hành tổ chức công đoàn có Ban chấp hành công đoàn gồm 13 thành viên (1 chủ tịch, 2 phó chủ tịch, 10 ủy viên), ủy ban kiểm tra (3 thành viên) và 13 tổ trưởng của 13 tổ công đoàn trực thuộc.